У всех черепах головной мозг развит достаточно слабо, однако при этом они имеют относительно высокие интеллектуальные способности. Среднеазиатские черепахи достаточно легко обучаются — они способны не только найти выход из лабиринта, но и находить места с привлекательным климатом.

Многие черепахи очень быстро привыкают к месту своего кормления. при необходимости могут самостоятельно выбрать удобное место. Эта способность черепах к самостоятельному мышлению достаточно превосходит других рептилий — змей и ящериц.

Всеми действиями черепах в основном руководят врожденные наследственные инстинкты. В зависимости от наследственности у каждой черепахи может наблюдаться разная реакция на внешние раздражители — температуру воздуха, освещение, осадки.

К основным инстинктам, характерным для всех черепах, можно отнести такие, как размножение и самосохранение. Самосохранение — защита, поиск убежища, поиск, находка и сохранение питания. Размножение — поиск и борьба за партнера, привлечение самки/самца, кладка яиц, спаривание.

Также к инстинкту самосохранения можно приписать способность мало двигаться, чтобы не привлекать к себе внимание со стороны врагов, умение маскироваться под окружающую поверхность, способность прятаться в панцире.